重要的一点是要知道系统的结构，因此，你才能找到配置文件和其他组件。如果你看一下组成eyeOS的文件，你会看到，在第一级目录中，我们只有的index.php、settings.php和名为eyeOS的一个目录。
Settings.php是一个配置文件。在其中的定义，是可以改变eyeOS行为的常量。例如数据库连接器的配置，以及许多其他的东西。在安装说明书中包含此文件用到的指令。
index.php文件与eyeOS系统的所有部分相关。每当一个请求发送到eyeOS或者运行一个应用程序，或执行任何操作，都要通过这个文件。
eyeOS目录，被称为“eyeroot”或“root”，包含整个eyeOS，包括所有用户的数据。在这个目录里有一个名为htaccess 的文件，其中有一条“拒绝所有”的规则，这是使其无法从浏览器访问这个目录。只有通过index.php文件可以访问eyeOS目录下的文件。
目录
1、system/
system目录包含所有的系统组件，这是前面讨论过的。
在system目录中，有frameworks目录，其中存放着框架，bootstrap目录包含引导程序，conf目录包含一般的系统配置，管理员可以修改，kernel目录存放着库和服务。
2、tests/
test目录包含系统的单元测试，也许不受应用程序开发人员所喜爱。
3、users/
在users目录中为每个用户建立了一个子目录。这个子目录包含用户的文档和设置文件。例如，JoeyBloggs用户的目录是eyeos/users/JoeyBloggs。
4、workgroups/
workgroups目录包含用户的工作组。如果用户创建了一个名为“myGroup”的组，这个组的目录为eyeos/workgroups/myGroup。
5、Apps/
在Apps目录里包含在eyeOS桌面上运行的应用程序或桌面本身。每个应用程序都有自己单独的目录，例如计算器应用程序在eyeos/apps/calculator目录里。
6、extern/
因为只有index.php文件是可以从外部访问，eyeOS必须有一些方法，使JavaScript文件，CSS，图片等，可用于浏览器，以 便浏览器可以加载它们。这是extern目录存在的目的。需要通过浏览器访问的所有资源必须放置在extern目录，或其子文件夹内。
当index.php文件收到这样的请求“index.php?extern=some_image.jpg”，extern目录下的some_image.jpg文件的内容被返回给浏览器，以便它可以被加载。这将在以后更深入地讨论。
7、extras
就是安装时使用的文件，运行时用不到。
